杨浦主园区
大学校区、大学科技园区、公共社区“三区融合、联动发展”的典型代表。
杨浦主园区位于国泰路、四平路口，毗邻五角场商圈，周边大学林立，生活、商业设施完备，是杨浦知识创新区建设发展的核心理念：大学校区、大学科技园区、公共社区“三区融合、联动发展”的典型代表。主园区共有建筑面积近十万平方，其中复旦科技园大厦建筑面积5.4万平方，为3A级写字楼。
复旦科技园的园区环绕复旦大学校区周边，为大学资源延伸、产学研互动在地理空间上带来极大便利。根据不同功能定位，分为以聚集、培育成长型高科技企业为主的主园区，位于国泰路11号；以聚集、培育初创期数字媒体企业为主的复旦科技园国家数字媒体产业基地，位于国泰路127号。
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复旦科技园一期
复旦科技园一期位于国泰路127号，2002年正式投用，承载了复旦大学最早的科技成果转化与产业化项目，成功孵化培育了复旦微电子、复旦复华、复旦天臣、复旦水务等优秀企业。
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复旦科技园二期
复旦科技园二期包含复旦科技园大厦及辅楼，位于国泰路11号，建成于2005年复旦大学百年校庆之际，在软件与信息技术、节能环保、规划设计等领域集聚了一批高科技企业，同时面向创业者打造了全要素、低成本、高效率、便利化、开放式的众创空间。
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复旦科技园三期
复旦科技园三期位于密云路1018号，2007年投入运营，为初创期企业提供办公空间。
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复旦科技园科技创新基地
复旦科技园科技创新基地位于松花江路2539号，2008年投入运营，致力于打造创新型文化教育产业基地。